Mapping Data

Experiment

• Experiment
  CROSS
• Chromosome
  17
• Reference
  J:20144 Heine D, et al., Analysis of recombinational hot spots associated with the p haplotype of the mouse MHC. Genomics. 1994 Sep 1;23(1):168-77
• ID
  MGI:44458

Genes

Gene	Assay Type	Description
D17Mit23	PCR amplified length variant	d106
D17Mit28	PCR amplified length variant	D545
D17Nds2	PCR amplified length variant	28.MMHSP68L
D17Nds3	PCR amplified length variant	22.MMTNFAB
D17Rua7	PCR amplified length variant	D17Rua7-pA, D17Rua7-pB
D17Mit24	PCR amplified length variant	D12
D17Rua1	PCR amplified length variant	D17Rua1-pA, D17Rua1-pB
D17Mit11	PCR amplified length variant	M145

Notes

• Reference
  In this reference the authors used PCR-based markers found within anchor loci to map recombination hot spots on Chromosome 17. The markers and corresponding loci (provided in parenthesis) are: D17Mit23 (Pim1), D17Rua3 (Crya1), D17Mit28 (H2-K), D17Mit21 (H2-Ab), D17Mt22 (H2-Eb), D17Rua2 (H2-Ea), D17Mit34 (H2-S referred to in text as C4-Slp), D17Nds2 (Hsp70-1), D17Nds3 (Tnfb), D17Rua7 (H2-D), D17Rua9 (H2-Q1), D17Rua5 (H2-M4), D7Rua6 (H2-M6), D17Mit24 (H2-M2) and D17Rua1 (Tpx1).

CROSS

• Type
  Backcross, female
• Female Parent
  <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p>/<d> <d> <d> <d> <d> <d> <d> <d>
• Strain
  (C3.NB-H2

  x B10D2/o)F1

• Male Parent
  <d> <d> <d> <d> <d> <d> <d> <d>/<d> <d> <d> <d> <d> <d> <d> <d>
• Strain
  B10.D2-H2/oSnJ
• Allele 1
  p from C3.NB-H2

• Allele 2
  d from B10.D2-H2/oSnJ

2x2 Data Reported

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	# Parentals
D17Mit23	D17Mit28	18	341
D17Mit28	D17Nds2	0	359
D17Nds2	D17Nds3	1	358
D17Nds3	D17Rua7	2	357
D17Rua7	D17Mit24	0	359
D17Mit24	D17Rua1	1	358
D17Rua1	D17Mit11	2	357

Statistics

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	Total	% Recombinants	Std Error
D17Mit23	D17Mit28	18	359	5.014	1.152
D17Mit24	D17Rua1	1	359	0.279	0.278
D17Mit28	D17Nds2	0	359	0.000	0.000
D17Nds2	D17Nds3	1	359	0.279	0.278
D17Nds3	D17Rua7	2	359	0.557	0.393
D17Rua7	D17Mit24	0	359	0.000	0.000
D17Rua1	D17Mit11	2	359	0.557	0.393