Mapping Data

Experiment

• Experiment
  CROSS
• Chromosome
  13
• Reference
  J:22444 O'Brien EP, et al., Molecular markers near two mouse chromosome 13 genes, muted and pearl, which cause platelet storage pool deficiency (SPD). Mamm Genome. 1995 Jan;6(1):19-24
• ID
  MGI:44556

Genes

Gene	Assay Type	Description
D13Mit1	PCR amplified length variant	A86
Foxq1	visible phenotype
D13Mit18	PCR amplified length variant	A890
D13Mit4	PCR amplified length variant	M231
D13Mit38	PCR amplified length variant	B224
Bloc1s5	visible phenotype
D13Mit87	PCR amplified length variant	MT483
D13Mit88	PCR amplified length variant	MPC2549
D13Mit137	PCR amplified length variant	MTH131
D13Mit138	PCR amplified length variant	MT1009
D13Mit63	PCR amplified length variant	MPC1609
D13Mit34	PCR amplified length variant	A646
Drd1	Southern analysis	G-36
D13Mit13	PCR amplified length variant	D24
D13Mit7	PCR amplified length variant	A68
D13Mit39	PCR amplified length variant	B264
D13Mit9	PCR amplified length variant	M147
D13Mit69	PCR amplified length variant	MPC1151
D13Mit27	PCR amplified length variant	A1130
D13Mit28	PCR amplified length variant	D530
D13Mit29	PCR amplified length variant	A721
D13Mit105	PCR amplified length variant	MT443
D13Mit106	PCR amplified length variant	MPC318
Ap3b1	visible phenotype
D13Mit160	PCR amplified length variant	MTH188
D13Mit104	PCR amplified length variant	MMH171
D13Mit161	PCR amplified length variant	MT666
D13Mit169	PCR amplified length variant	MT1949
D13Mit144	PCR amplified length variant	MT921
D13Mit145	PCR amplified length variant	MT1173
D13Mit109	PCR amplified length variant	MMH114
D13Mit36	PCR amplified length variant	A1126
Map1b	Southern analysis	MAP5
D13Mit146	PCR amplified length variant	MT969
D13Mit37	PCR amplified length variant	B199
Itga1	Southern analysis	Vla1
D13Mit30	PCR amplified length variant	A715
D13Mit32	PCR amplified length variant	A1117
D13Mit47	PCR amplified length variant	B388
Htr1a	Southern analysis	G-21

Notes

• Reference
  Authors use the locus symbols Drd1 and Hrt1a for Drd1a and Htr1a respectively.

CROSS

• Type
  Backcross, female
• Female Parent
  <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p>/<m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m>
• Strain
  (PWK x STOCK Foxq1 Bloc1s5 Ap3b1)F1
• Male Parent
  <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m>/<m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m> <m>
• Strain
  STOCK Foxq1 Bloc1s5 Ap3b1
• Allele 1
  p from PWK
• Allele 2
  m from STOCK Foxq1 Bloc1s5 Ap3b1

2x2 Data Reported

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	# Parentals
D13Mit1	Foxq1	12	112
Foxq1	D13Mit18	7	517
D13Mit18	D13Mit4	0	524
D13Mit4	D13Mit38	6	518
D13Mit38	Bloc1s5	2	526
Bloc1s5	D13Mit87	0	528
D13Mit87	D13Mit88	0	528
D13Mit88	D13Mit137	0	528
D13Mit137	D13Mit138	27	501
D13Mit138	D13Mit63	11	517
D13Mit63	D13Mit34	25	488
D13Mit34	Drd1	1	454
Drd1	D13Mit13	1	454
D13Mit13	D13Mit7	0	455
D13Mit7	D13Mit39	0	454
D13Mit39	D13Mit9	8	445
D13Mit9	D13Mit69	2	512
D13Mit69	D13Mit27	7	507
D13Mit27	D13Mit28	5	517
D13Mit28	D13Mit29	1	526
D13Mit29	D13Mit105	0	528
D13Mit105	D13Mit106	0	528
D13Mit106	Ap3b1	2	526
Ap3b1	D13Mit160	0	528
D13Mit160	D13Mit104	0	528
D13Mit104	D13Mit161	0	528
D13Mit161	D13Mit169	0	528
D13Mit169	D13Mit144	5	523
D13Mit144	D13Mit145	4	524
D13Mit145	D13Mit109	1	527
D13Mit109	D13Mit36	2	525
D13Mit36	Map1b	0	527
Map1b	D13Mit146	2	523
D13Mit146	D13Mit37	4	504
D13Mit37	Itga1	1	99
Itga1	D13Mit30	0	98
D13Mit30	D13Mit32	0	90
D13Mit32	D13Mit47	1	90
D13Mit47	Htr1a	1	69

Statistics

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	Total	% Recombinants	Std Error
D13Mit1	Foxq1	12	124	9.677	2.655
D13Mit104	D13Mit161	0	528	0.000	0.000
D13Mit105	D13Mit106	0	528	0.000	0.000
D13Mit106	Ap3b1	2	528	0.379	0.267
D13Mit109	D13Mit36	2	527	0.380	0.268
D13Mit13	D13Mit7	0	455	0.000	0.000
D13Mit137	D13Mit138	27	528	5.114	0.959
D13Mit138	D13Mit63	11	528	2.083	0.622
D13Mit144	D13Mit145	4	528	0.758	0.377
D13Mit145	D13Mit109	1	528	0.189	0.189
D13Mit146	D13Mit37	4	508	0.787	0.392
D13Mit160	D13Mit104	0	528	0.000	0.000
D13Mit161	D13Mit169	0	528	0.000	0.000
D13Mit169	D13Mit144	5	528	0.947	0.421
D13Mit18	D13Mit4	0	524	0.000	0.000
D13Mit27	D13Mit28	5	522	0.958	0.426
D13Mit28	D13Mit29	1	527	0.190	0.190
D13Mit29	D13Mit105	0	528	0.000	0.000
D13Mit30	D13Mit32	0	90	0.000	0.000
D13Mit32	D13Mit47	1	91	1.099	1.093
D13Mit34	Drd1	1	455	0.220	0.220
D13Mit36	Map1b	0	527	0.000	0.000
D13Mit37	Itga1	1	100	1.000	0.995
D13Mit38	Bloc1s5	2	528	0.379	0.267
D13Mit39	D13Mit9	8	453	1.766	0.619
D13Mit4	D13Mit38	6	524	1.145	0.465
D13Mit47	Htr1a	1	70	1.429	1.418
D13Mit63	D13Mit34	25	513	4.873	0.951
D13Mit69	D13Mit27	7	514	1.362	0.511
D13Mit7	D13Mit39	0	454	0.000	0.000
D13Mit87	D13Mit88	0	528	0.000	0.000
D13Mit88	D13Mit137	0	528	0.000	0.000
D13Mit9	D13Mit69	2	514	0.389	0.275
Itga1	D13Mit30	0	98	0.000	0.000
Map1b	D13Mit146	2	525	0.381	0.269
Bloc1s5	D13Mit87	0	528	0.000	0.000
Ap3b1	D13Mit160	0	528	0.000	0.000
Foxq1	D13Mit18	7	524	1.336	0.502
Drd1	D13Mit13	1	455	0.220	0.220