Mapping Data

Experiment

• Experiment
  CROSS
• Chromosome
  13
• Reference
  J:38409 Beckers MC, et al., High-resolution linkage map of mouse chromosome 13 in the vicinity of the host resistance locus Lgn1. Genomics. 1997 Feb 1;39(3):254-63
• ID
  MGI:48065

Genes

Gene	Assay Type	Description
D13Mit231	PCR amplified length variant
D13Mit193	PCR amplified length variant
D13Mit108	PCR amplified length variant
Hexb	Southern analysis	p[b]HEX54
D13Mit111	PCR amplified length variant
D13Mit110	PCR amplified length variant
D13Mit128	PCR amplified length variant
D13Mit70	PCR amplified length variant
D13Mit287	PCR amplified length variant
D13Mit73	PCR amplified length variant
Gzma	Southern analysis	Granzyme A cDNA
Itga2	Southern analysis	pBSMA21
Itga1	Southern analysis	Itga1 cDNA4
D13Hun39	reported elsewhere
D13Mit53	PCR amplified length variant
D13Mit32	PCR amplified length variant
D13Mit77	PCR amplified length variant
D13Mit78	PCR amplified length variant

Notes

• Reference
  Authors use Htr1 for locus symbol Htr1a.

CROSS

• Type
  Backcross, sexes unspecified or combined
• Female Parent
  <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a>/<b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b>
• Strain
  (A/J x C57BL/6J)F1
• Male Parent
  <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a>/<a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a> <a>
• Strain
  A/J
• Allele 1
  a from A/J
• Allele 2
  b from C57BL/6J

2x2 Data Reported

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	# Parentals
D13Mit231	D13Mit193	10	172
D13Mit193	D13Mit108	4	175
D13Mit108	Hexb	3	176
Hexb	D13Mit111	1	179
Hexb	D13Mit110	1	179
D13Mit111	D13Mit128	1	79
D13Mit110	D13Mit128	1	79
D13Mit70	D13Mit287	3	179
D13Mit287	D13Mit73	5	177
D13Mit73	Gzma	13	169
D13Mit73	D13Mit32	13	169
D13Mit73	D13Mit53	13	169
Gzma	Itga2	0	182
D13Mit32	Itga2	0	182
D13Mit53	Itga2	0	182
Gzma	Itga1	0	182
D13Mit32	Itga1	0	182
D13Mit53	Itga1	0	182
Gzma	D13Hun39	0	182
D13Mit32	D13Hun39	0	182
D13Mit53	D13Hun39	0	182
Itga2	D13Mit77	2	180
Itga1	D13Mit77	2	180
D13Hun39	D13Mit77	2	180
D13Mit77	D13Mit78	2	180

Statistics

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	Total	% Recombinants	Std Error
D13Mit231	D13Mit193	10	182	5.495	1.689
D13Mit193	D13Mit108	4	179	2.235	1.105
D13Mit108	Hexb	3	179	1.676	0.959
Hexb	D13Mit111	1	180	0.556	0.554
Hexb	D13Mit110	1	180	0.556	0.554
D13Mit111	D13Mit128	1	80	1.250	1.242
D13Mit110	D13Mit128	1	80	1.250	1.242
D13Mit70	D13Mit287	3	182	1.648	0.944
D13Mit287	D13Mit73	5	182	2.747	1.212
D13Mit73	Gzma	13	182	7.143	1.909
D13Mit73	D13Mit32	13	182	7.143	1.909
D13Mit73	D13Mit53	13	182	7.143	1.909
Gzma	Itga2	0	182	0.000	0.000
D13Mit32	Itga2	0	182	0.000	0.000
D13Mit53	Itga2	0	182	0.000	0.000
Gzma	Itga1	0	182	0.000	0.000
D13Mit32	Itga1	0	182	0.000	0.000
D13Mit53	Itga1	0	182	0.000	0.000
Gzma	D13Hun39	0	182	0.000	0.000
D13Mit32	D13Hun39	0	182	0.000	0.000
D13Mit53	D13Hun39	0	182	0.000	0.000
Itga2	D13Mit77	2	182	1.099	0.773
Itga1	D13Mit77	2	182	1.099	0.773
D13Hun39	D13Mit77	2	182	1.099	0.773
D13Mit77	D13Mit78	2	182	1.099	0.773