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aboriginal species    2.3.1, 2.3.5
Africa    2.2.2
allele-specific oligonucleotides    8.3.2.2, 10.1.1, Appendix E: Glossary of Terms
Alu elements, human    5.4.4
AMAN    Appendix B3.2
America    1.1.1
anchor loci    8.3.6.1, 9.3.1, 9.3.4, 9.4.4.2, 10.1.1, Appendix E: Glossary of Terms
anonymous DNA locus    3.4.3, 7.1.1, 8.2.2, 8.3.6.5, Appendix E: Glossary of Terms
antibodies    7.4.1, 7.2.4.2, 7.3.4
antigens as genetic markers    7.2.4.2, 7.3.4
Arabidopsis    9.2.1.1
artificial insemination    2.3.5, 4.5.1
ASOs, see allele-specific oligonucleotides
Avner, Philip    7.2.4.4

B1 elements    5.4.2, 8.3, 8.3.5, 8.3.6.3, 8.4.3, 10.2.2.2, Appendix E: Glossary of Terms
B2 elements    5.4.2, 8.3, 8.3.5, 8.3.6.3, 8.4.3, 10.2.2.2, Appendix E: Glossary of Terms
B6, see strain C57BL/6   
B10, see strain C57BL/10   
backcross analysis    9.4.1
   illustration    Figure 9.11
backcrossing    3.2.1, 3.3.2, 3.3.3, 3.3.4, 7.2.2.1, Appendix E: Glossary of Terms; Table 3.2; Figures 3.4, 3.5, 3.6
Baekon, Inc.    Appendix A
Bailey, Donald    7.2.4.2, 9.2.1.1
Bayesian analysis    9.1.3.6, 9.2.2.2, 9.2.2.3, 9.4.4.2, Appendix E: Glossary of Terms
binomial formula    Appendix D1.2
biotinylation    8.3.2.3
Birkenmeier, E.    9.3.3
blending inheritance    1.2.1
Bonhomme, Françoise    2.3.2, 2.3.3, 2.3.5, 7.2.4.3, 9.3.1
Brave New World    1.3.3
Brown, Stephen    9.3.3
Bruce effect    4.3.7
Burke, David    10.3.3.1
Bussey Institute    1.2.2

CA-repeats    8.3.6.1, 8.3.6.5, Appendix E: Glossary of Terms
Caenorhabditis elegans    1.2.3, 1.3.1
California    2.2.3
Cambrian explosion    1.3.1
cancer    1.2.3
candidate gene approach    6.3.1, 9.3.4
Cappechi, Mario    6.4.1
Carter, T.C.    6.1.1
Castle, William    1.1.2, 1.2.2
cat    1.1.2
centromeres    5.3.1.1, 5.3.4, 5.4.4, 7.2.3.1, 9.1.2, 9.1.2.2, 9.1.2.3, 9.1.2.4, 10.2.2.1
cesium chloride gradient centrifugation    5.3.4
Chapman, Verne    2.3.5
Charles River Laboratory    3.1, Appendix A
Chi-squared analysis    9.1.3.3, 9.1.3.4, Appendix E: Glossary of Terms
   backcross data    9.1.3.3
   intercross data    9.1.3.4
   limitations    9.1.3.5
   recombinant inbred data    9.2.2.3
   table of P values    9.1.3.3, Table 9.1
chiasmata    5.1.3
chimeras, interspecific    5.3.4, 6.2.1, 6.4.1, Appendix E: Glossary of Terms
China    2.2.2
chlorambucil    6.1.2, 7.3.5
chromosome   
   17:    5.5.1, 9.2.2.4, 10.1.2
   aberrations    5.5.1
   assignment    7.1.2, 9.1.1, 10.2.2.1, 10.2.3.1
   disjunction    5.2.3.1, 5.2.3.2
   DNA content    5.2.1.3
   lengths    5.2.1.3, 9.4.4.2
   map    7.1.3
   metacentric    5.2.2.1
   microdissection    8.4.1
   nondisjunction    5.2.3.1, 5.2.3.2, 5.2.3.3
   walking    10.3.3.2, Appendix E: Glossary of Terms
   X    5.3.3.2
   Y    2.3.4, 5.3.3.2
civilization    1.1.1, 2.2.2
coat colors    8.1
coisogenic strains    3.3.2, 3.3.3.2, Appendix E: Glossary of Terms
Cold Spring Harbor Laboratory    1.2.2, 7.2.4.3
Collins, Francis    10.4
commensal animals    2.2.2, 2.3.1, 2.4.2, Appendix E: Glossary of Terms
Committee on the Standardized Nomenclature for Mice    3.2.2, 3.4.1, 3.4.6
complementation analysis    7.3.5
complex traits    7.4.3
computer programs    Appendix B3.1, Appendix D1.3
concordance    9.2.2.2, Appendix E: Glossary of Terms
   complete 9.4.5, 10.3.1, Appendix D1.1
confidence interval    9.2.4.2, Appendix D1.1
congenic strains    3.3.3.1, 3.3.3.2, 3.3.3.3, 3.3.4.2, 8.4.4, 9.1.2.3, Appendix E: Glossary of Terms
conplastic strains    3.3.3.5, Appendix E: Glossary of Terms
conservation, mouse versus humans    10.3.4.5
consomic strains    3.3.3.4, Appendix E: Glossary of Terms
contamination, monitoring of    2.3.4, 8.3.4
contig    8.4, 10.3.3.1, Appendix E: Glossary of Terms
Copeland, Neil    9.3.1, 9.3.3
copulation    4.3.2
Cot curve    5.1.2, 5.1.5.2
Cot values    5.3.4
CpG dinucleotide    8.2.2, 10.3.2, 10.3.4.4
CpG islands    10.3.4.4, Appendix E: Glossary of Terms
Cretaceous extinction    2.2.1
cross-hybridization   
   gene families    5.3.1.2
   interspecific    1.3.1, 5.3.4, 10.3.4.5
   transcripts    5.1.5.2
crossing over   
   double    7.2.2.3
   nonrandom    7.2.3.1
cryopreservation    6.1.3
Cuénot, F.    1.2.1
culling litters    4.4.3
cytogenetic map    7.1.3

database   
   electronic Appendix B1.1
   human genetics    Appendix B1.3
   microsatellite    Appendix B1.2
   mouse genetics    7.3.5, Appendix B1.2
   program for recordkeeping    3.5.5
Davisson, Muriel    6.1.3, Appendix B1.2
DdeI    9.1.2.1
deletions    7.3.5, 8.1, 8.3.1.1
demes    2.4.2, Appendix E: Glossary of Terms
denaturing gradient gel electrophoresis    8.3.3.2
Department of Energy    10.4
differential chromosome segment    3.3.3.2, Appendix E: Glossary of Terms
differential locus    3.3.3.2
dinosaurs, extinction of    2.2.1
disomies, uniparental    5.2.3.3
dispersed repetitive elements, see B1, B2, and LINE-1 elements   
distortion of transmission ratio    6.2.5.2
diversity, generation of    10.1.2
DNA elements, copy number    5.3.1.2
DNA fingerprinting    8.2.3, 8.3.4
DNA marker panels    7.3.2, 8.4, 10.2.3.1, Appendix E: Glossary of Terms
DNaseI hypersensitive sites    10.4
domestication    1.1.2
Doolittle, D.P.    Appendix B1.2
Drosophila melanogaster   
   chromosome microdissection    8.4.1
   deletion mutations    6.1.2
   homeobox genes    5.3.3.1
   linkage map    7.2.1
   model organism    1.2.3, 1.3.1
   recombination    7.2.3.2, 7.2.3.3
Dunn, L.C.    1.2.2, 3.5.3
duplications    8.1

EcoRI    5.4.2, 8.2.2
eggs    4.2.2, 4.3.1, 4.3.2, 4.3.3, 4.3.4
Egypt    1.1.2
Eicher, Eva    5.2.3.1
embryo, manipulation    1.3.3, 4.5.3
embryonic stem cells    6.2.1, 6.3.1, 6.4.1, 6.4.2, Appendix E: Glossary of Terms
episodic amplification    5.4.2, 5.4.3
estrus cycle    4.3.1, 4.5.1
estrus, postpartum    4.4.6
ethylnitrosourea    6.1.2
European Collaborative Interspecific Backcross    9.3.3
evolution   
   concerted    5.3.3.1, 5.3.3.3, 5.4.2
   genome    5.3.1, 5.3.2, 5.3.3, 5.3.4, 5.4, 5.5
   mammals    2.2.1
exon trapping    10.3.4.3
expressivity, variable    9.2.5.1, 9.2.5.2, Appendix E: Glossary of Terms

F1 hybrids    3.2.6, 4.1, 4.4.7, 6.2.2.1, 6.2.3, 6.2.5.1, 9.4.1, 9.4.4.2, Appendix E: Glossary of Terms
FACS, see fluorescence-activated cell sorter
fancy mouse    1.1.2, 2.3.4, 3.2.3, 6.1.1, 8.1
fecundity, relative    4.1
feral animals    2.3.1, 2.4.1, Appendix E: Glossary of Terms
Fertile Crescent    1.1.1, 2.2.2
fertilization    4.2.2, 4.3.1, 4.3.2, 4.3.3, 4.3.4
FISH    5.4.4, 10.2.1, 10.2.2, Appendix E: Glossary of Terms
fluorescence-activated cell sorter    5.2.2.2, 8.4.2
follicles    4.2.2, 4.3.2
forced heterozygosity    3.2.4, 3.3.3.2
fossils    1.3.1, 2.2.2
foster mothers    4.4.4
framework map    8.2.3, 8.3.6.1, 9.4.4

G-bands    5.2.1.1, 5.4.4
Gall, Joseph    5.3.4
Galton, Francis    1.2.1
gametogenesis    5.5.1
GenBank    7.4.1, 8.3.6.3, 8.3.6.5, Appendix B1.3
gene   
   agouti (A)    7.2.2.1, 10.2.3.2, see also MGI
   albino (c)    6.1.1, 6.4.5, 7.2.4.1, see also MGI
   alpha-globin (Hba)    5.1.5.1, 5.3.3.1, see also MGI
   beta-globin (Hbb)    5.1.5.1, 5.3.3.1, 5.3.3.2, see also MGI
   brown (b)    6.1.1, see also MGI
   dilute (d)    6.1.1, see also MGI
   Duchene's muscular dystrophy (DMD)    5.1.5.1, see also MGI
   dwarf (dw)    4.5.2, see also MGI
   H2    3.3.3.1, 5.3.2.4, 5.3.3.1, 10.1.2, see also MGI
   H19    5.5.1, see also OMIM
   histone family    5.3.3.3
   Hox family    5.3.3.1, see also the MGI entries for Hoxa, Hoxb, Hoxc, and Hoxd
   IAP    5.4.1, see also MGI
   Igf2    5.5.1, see also MGI
   Igf2r    5.5.1, see also MGI
   immunoglobulin family    5.3.3.1, see also the MGI entries for Igh, Igk and Igl
   MHC    3.3.3.1, 5.3.2.4, 5.3.3.1, 10.1.2, see also MGI
   muscular dystrophy (mdx)    5.1.5.1, see also MGI
   myoglobin (myg)    5.3.3.1, see also MGI
   obese (ob)    4.5.2, see also MGI
   ornithine decarboxylase    8.2.4, see also MGI
   piebald (s)    6.1.1, see also MGI
   pink-eyed dilution (p)    6.1.1, 6.4.5, 7.2.4.1, see also MGI
   ribosomal RNA    5.3.3.3, 10.2.2.1
   short-ear (se)    6.1.1, see also MGI
   Steel (Sl)    6.4.5, see also MGI
   T-cell receptor (Tcr)    5.3.3.1, see also MGI
   T locus    6.1.1, 6.2.5.2, 7.2.2.1, see also the MGI entries for T and t
   transfer RNA    5.3.3.3
   triose phosphate isomerase    8.2.4, see also MGI
   VL30    5.4.1
   W locus    6.1.1, see also MGI
gene conversion    5.3.2.4, 5.3.3.3
gene dosage effects    5.2.3.3
gene duplication    5.3.2.1
gene expression   
   spatial sequence    5.3.3.1, 5.3.3.2
   temporal sequence    5.3.3.2
gene families    5.3.1.2, 5.3.3, 8.2.4
gene function    7.4.1, 7.4.2, 7.4.3
gene identification    10.3.4
   cDNA slection    10.3.4.1
   exon trapping    10.3.4.3
   by sequencing    10.3.4.6
   zoo blots    10.3.4.5
gene knockouts, see targeted mutagenesis
GENE-LINK    Appendix B3.1
gene order, conservation of    10.2.1
gene order, significance of    5.3.3.2
gene replacement, see targeted mutagenesis
gene targeting, see targeted mutagenesis
gene trapping    6.5.1
genes   
   definition    7.1.1.1
   evolutionary conservation    5.1.4
   housekeeping    5.2.1.1
   median size    5.1.5.1
   number in genome    5.1.5
   paralogous    5.3.3.1
   tissue-specific    5.2.1.1
   vital function    5.1.5.1
genetic code    5.3.2.1
genetic diseases, human    5.5.1
genetic drift    5.2.2.1, 5.3.1.1, 5.3.2.1, 5.3.3.3, 5.4.2, 5.4.3, 10.3.4.5, Appendix E: Glossary of Terms
genetic maps    7.1.1.2, 7.1.2, 7.1.3, 7.1.4, 7.1.5
genetic monitoring    8.3.4
genome   
   complexity    5.1.2
   evolution    5.3, 5.4, 5.5
   haploid content    5.1.1
   human    1.3.1
   long range structure    5.2.1.1
   mammals    1.3.1
   mitochondrial    2.3.3, 3.3.3.5
   mouse-human comparison    1.3.1, 5.1.5.1
   organization    5.3.1.1, 5.3.1.2, 5.3.3.2
   quantification    5.1
   size in ancestor    5.3.2.1
   whole linkage map    2.3.5
Genome Database, Human    7.3.5, Appendix B1.3
genome scanning, whole    8.2.5, 8.3.6.5
genomic imprinting    5.2.3.3, 5.5, 6.2.1, 10.4, Appendix E: Glossary of Terms
GenPharm    Appendix A
gerbil    2.1
germ cells, male    4.2.1
germ line integration    5.4.1
Germany    2.2.2
gestation    4.3.6, 4.3.7, 4.4.7
Giemsa staining    5.2.1.1, Appendix E: Glossary of Terms
Gopher    Appendix B1.1
Green, Earl    3.2.2
Green, Margaret    6.1.3, Appendix B1.2
Guènet, Jean-Louis    8.2.2, 9.3.3
guinea pig    2.1

H2 complex    3.3.3.1
habitat, natural    2.4.1
Haig, David    5.5.2
hairpin loops    5.4.3
Haldane, J.B.S.    7.2.2.3, 7.2.4.1
Haldane-Waddington equation    9.2.2.3, 9.2.4.1, 9.2.4.3, Appendix D1.1, Appendix D1.2
haplo-insufficiency    6.1.1
haplotype analysis    9.4.4.5
haplotypes    10.1.1, Appendix E: Glossary of Terms
Harlan Sprague Dawley    3.1, Appendix A
Harvard University    1.2.2
Harwell, England    1.2.3, 6.1.1
heterochromatin    5.4.4
Hilltop Labs    Appendix A
histocompatibility    3.3.3.1, Appendix E: Glossary of Terms
history   
   129 strain    6.4.5
   classical genetics    7.2.1
   congenic strains    3.3.3.1
   DNA cloning    7.2.4.3
   house mouse    1.1.1, 1.1.2
   in situ hybridization    10.2.2.1
   inbred strains    2.3.4
   interspecific cross    2.3.5, 7.2.4.3, 9.3.1, 9.3.2, 9.3.3, 9.3.4
   linkage map    7.2.2.1
   microsatellites    7.2.4.4, 8.3.6.1
   mouse genetics    1.2.1, 1.2.2, 1.2.3, 7.2.4.1, 7.2.4.2, 7.2.4.3, 7.2.4.4, Notes
   mutagenesis    6.1.1
   recombinant inbred strains    7.2.4.2, 9.2.1.1
   somatic cell hybrid analysis    10.2.3.1
   targeted mutagenesis    6.4.1
   transgenics    6.3.1
hit and run technique    6.4.3
Holliday model    5.3.2.4
hotspots   
   for mutation    8.2.2
   of recombination    7.2.3.3, 9.4.2.1, 10.2.3.2, Appendix E: Glossary of Terms
human diseases    6.4.1
Human Genome Project    10.4
hybrid vigor    3.2.6, 4.1, 6.2.2.1, 6.2.3, 9.4.1, 9.5.3
hybrid zomes    2.3.3, Appendix E: Glossary of Terms
hybridization   
   allele-specific oligonucleotides    8.3.2.2
   cross-species    1.3.1, 10.3.4.5
   in situ    5.2.2.2, 5.3.4, 5.4.4, 7.1.3, 7.3.2, 9.1.1, 9.1.2.4, 9.2.2.4, 10.2.2, Appendix E: Glossary of Terms
   substractive    8.4.4
   theoretical considerations    8.3.2.1
hypermedia    Appendix B1.1

IBM    Appendix B1-1
ice age    1.1.1
ID elements    5.4.4
idiogram    5.2.1.2, Figure 5.2
immunology    1.2.3
implantation    4.3.7
in vitro fertilization    4.5.3
inbreeding    3.2.2, 3.2.3, 3.2.4, 3.2.5, 3.2.6, Appendix E: Glossary of Terms
   depression    3.2.5
incross    3.2.1; Table 3.2; Appendix E: Glossary of Terms
India    2.2.2
insertional mutagenesis    6.3.1, 6.5.1
insertions    8.3.1.1, Figure 8.7
intercross    3.2.1; Table 3.2; Appendix E: Glossary of Terms
intercross analysis    9.4, 9.5
   advantages    9.4.3.2
   illustration    Figure 9.12
intercross mapping    8.3.4
interference, genetic    7.2.2.3, 9.2.2.4, 9.4.3.1, Glossary of Terms
Internet    Appendix B
interspecific backcross    8.2.1, 8.2.4, 9.1.1, 9.1.2.4, 9.2.2.4, 9.3, 9.4.2.1
   history    2.3.5, 7.2.4.3
   inversion polymorphism    9.3.2.1
interspecific cross    2.3.3, 2.3.4, 2.3.5, 3.3.3.5, 4.3.4, 4.5.1, 8.3.6.5, Glossary of Terms
interspersed repetitive sequence PCR    8.3.5, 8.4.3, Glossary of Terms
intracisternal A particle elements    5.4.1, 8.2.4
introgression    2.3.3
inversion, chromosomal    2.3.5, 7.3.5, 8.1, 8.3.1.1, Figure 8.7, 9.3.2.1, 9.4.2.1
IRS-PCR, see interspersed repetitive sequence PCR   
isozyme mapping    7.2.4.2, 7.3.4

Jackson Laboratory    1.2.2, 1.2.3, 2.3.5, 3.1, 3.2.5, 4.4.7, 4.5.2, 5.2.2.2, 6.1.3, 6.4.5, 6.5.2, 7.2.4.2, 7.3.1, 7.3.5, 9.2.1.1, 9.2.1.2, 9.3.2.2, 9.3.4, 9.4.2.2, Appendix A, Appendix B1.2
Japan    Figure 2.3, 2.2.3, 2.3.3
Jeffreys, A.    8.2.3
Jenkins, Nancy    9.3.1, 9.3.3
Johns Hopkins University    Appendix B1.3

karyotype    9.1.2, 9.1.2.2, 10.2.2.1, 10.2.3.1, Glossary of Terms
   aberrant    7.3.5
   standard mouse    2.3.5, 5.2.1.1, 5.2.1.2, Figure 5.2

lactation    4.4.3
Lathrop, Abbie    1.1.2, 2.3.4, 3.4.2
lethal dose 50 determination    9.2.5.1
libido    4.3.3
library   
   bacterial artificial chromosome    10.3.3.1
   bacteriophage P1    10.3.3.1
   CA-repeats    8.3.6.5
   cDNA    7.4.1, 8.3.1.2
   chromosome-specific    7.3.3, 8.4
   cosmid    7.1.4, 8.3.6.5
   deletions    6.1.2
   genomic    5.4.4, Glossary of Terms
   129 genomic    6.4.4
   large-insert    8.4.2
   microsatellite detection    8.3.6.2
   ordered    8.4
   YAC    1.3.4, 6.5.3, 7.1.4, 8.3.6.5, 10.3.3.1, Glossary of terms
Life Sciences Inc.    Appendix A
life span    4.4.7
ligase chain reaction    8.3.2.4
ligase-mediated gene detection    8.3.2.3
LINE-1 elements    5.2.1.1, 5.4.2, 5.4.3, 5.4.4, 8.3, 8.3.6.3, 8.4.3, 10.2.2.2
linkage    7.2.2, Glossary of Terms
linkage distances    7.2.2.2, 7.2.2.3, 7.2.3.1, 7.2.3.2, 7.2.3.3
linkage group    7.2.2.2, Glossary of Terms
linkage map   
   computer analysis    Appendix B3.1
   high resolution    10.3.1, 10.4
   mitotic    10.1.2
   size    5.1.3
   whole genome    5.1.3
linkage mapping    9.1.1, 10.2.3.2
   general strategies    7.3
   mutations    7.3.5
   novel DNA clones    7.3.1
   polypeptide loci    7.3.4
   region-specific markers    7.3.3
   sperm typing    10.1.1
   statistical analysis    9.1.3
   transgene insertion sites    7.3.2
Little, Clarence    1.2.2
locus control region    5.3.3.2
locus, definition    7.1.1.1, Glossary of Terms
LOD score    9.1.3.2
Lyon, Mary    1.2.3

M. abbotti   2.3.5, Figure 2.2
M. brevirostris    2.3.2
M. caroli    2.2.2, 5.3.4, Figure 2.2
M. cervicolor    5.3.4, Figure 2.2
M. cookii    2.3.5, 5.3.4, Figure 2.2
M. hortulanus    2.3.5, 3.2.5, Figure 2.2
M. m. bactrianus    2.2.2, 2.3.2, 2.3.4, 5.2, Figure 2.2
M. m. castaneus    2.2.2, 2.3.2, 2.3.4, 3.2.5, 5.2.1.1, 8.2.1, 8.3.6.4, 9.3.2.1, 9.4.2.1; Table 3.1; Figure 2.2
M. m. domesticus    2.2.2, 2.3.2, 2.3.3, 2.3.4, 2.3.5, 5.2, 9.4.2.1, Figure 2.2
M. m. molossinus    2.2.3, 2.3.3, 2.3.4, 3.2.5, 9.4.2; Table 3.1; Figure 2.3
M. m. musculus    2.2.2, 2.3.2, 2.3.3, 5.2.1, 9.4.2.2, Figure 2.2
M. macedonicus    2.3.5, 5.2, Figure 2.2
M. poschiavinus    2.3.2, 5.2.2
M. spiceligus    2.3.5, 3.2.5, 5.2, Figure 2.2
M. spretus    2.3.5, 3.2.5, 5.2, 5.3.4, 7.2.4.3, 8.1, 8.2.1, 8.2.2; Table 3.1; Figure 2.2
Macintosh computer    Appendix B1.1, Appendix B3.1, Appendix B3.2
major histocompatibility complex    3.3.3.1
Map Manager    9.2.2.1, 9.2.2.4, 9.2.3, 9.3.2.2, 9.4.3.1, 9.4.3.2, 9.4.4.3, 9.4.4.5, Appendix B3.1
Mapmaker    9.4.3.2, Appendix B3.1
mapping
   breakpoints    10.2.2.2
   centromeres    9.1.2, 10.2.2.2
   mutations see mutation mapping
   statistical analysis    9.1.3
   synteny    10.2.1
   telomeres    9.1.2
   transgene loci    10.2.2.2
mapping function    9.2.2.3
   Carter-Falconer    7.2.2.3, 9.4.4.2, 9.4.4.5, Figures 9.13, 9.15
   Haldane    7.2.2.3
   Kosambi    7.2.2.3
mapping panels    7.3.1, 9.1, 9.2, 9.3, 9.4
   choice of cross    9.3.2
   genetic considerations    9.3.2.1
   strain choice    9.4.2.1
maps    7.1.3, 7.1.5
   cytogenetic    7.1.3, 7.1.5
   linkage    7.1.2, 7.1.5, 7.2
   physical    7.1.4, 10.3, Figures 7.5, 10.1
   whole genome    2.3.5, 7.2.4.3, 9.1.1.1
maximum likelihood estimation    9.1.3.2, 9.4.3.2, 9.4.4.5, Appendix B3.1
McKusick, Victor    Appendix B1.3
Medical Research Council, Harwell, England    1.2.3, 6.1.1
meiosis    4.2.1, Appendix E: Glossary of Terms
Mendel's laws    1.2, 5.2.3.2, 7.2.1
methylation    8.2.2 10.3.4.4, 10.4
Mickey Mouse    1.1.1, 1.1.2
microdissection, chromosome    5.2.2.2, 8.4.1, Appendix E: Glossary
microinjection    6.3.1
microsatellites    5.4.5, 8.3.6, Appendix E: Glossary of Terms
   anchor loci    1.3.4, 9.4.4.2
   classification    8.3.6.3
   database    Appendix B1.1, B1.2
   frequency of occurrence    8.3.6.3
   generation    Figure 8.4
   high resolution mapping    9.4.5
   history    7.2.4.4
   mutation rate    8.3.6.4
   polymorphism level    8.3.6.4, 9.4.2.1
Middle East    1.1.1
milk    4.4.3
minisatellites    5.4.5, 8.2.3, Appendix E: Glossary
   generation    Figure 8.4
mismatch repair    5.3.2.4
MIT    8.3.6.5, Appendix B1.1
mitochondrial genome    2.3.4, 3.3.3.5
mitosis    4.2.2
mitotic linkage maps    10.1.2
MMTV elements    8.2.4
model organism    1.3.2
molecular clock    5.3.2.1, 5.3.3.3, 10.3.4.5
Morgan, T.H.    7.2.1
Moriwaki, K.    2.3.2
Mosaic    Appendix B1.1
mouse, definition of    2.1
mouse colony management program    Appendix B3.2
Mouse Genome Database    7.3.5, 9.3.4, Appendix B1.2, See also MGI
Mouse Mutant Resource    6.1.3
Mouse Newsletter    1.2.3
MspI    8.2.2
Muller, H.    6.1.1
multifactorial traits    7.4.3, 9.5, Appendix E: Glossary of Terms
MuLV elements    8.2.4
mutagenesis, saturation    5.1.5.3, 6.1.2
mutation    3.4.4, Appendix E: Glossary of Terms
   coat color    6.1.1
   deletions    6.1.2
   skeletal    6.1.1
mutation mapping    9.4
   breeding scheme choice    9.4.3
   gene order determination    9.4.4.5
   high resolution analysis    9.4.5
   linkage determination    9.4.4.3, 9.4.4.4
   strain choice    9.4.2

National Institutes of Health    3.1, 10.4
Neolithic transition    1.1.1, 2.2.2
Neumann, Paul    9.2.2.3
neural nets    10.3.4.6
Nobel Prize    3.3.3.1
nomenclature   
   alleles    3.4.4
   coisogenic strains    3.3.2
   congenic strains    3.3.3.3
   genes    3.4.3
   genotypes    7.2.2.1, 7.2.2.2
   locus symbols    3.4.3
   pseudogenes    3.4.3
   recombinant inbred strains    3.3.4.1, 9.2.1.2
   Robertsonian chromosomes    5.2.2.1
   standardized    3.4
   targeted mutations    3.4.4
   transgenes    3.4.5
normal distribution    Appendix D1.2
Northern blots    10.3.4.1
NotI    8.2.5, 8.4.4, 10.3.2, 10.3.4.4
nuclear transplantion    5.5.1, 6.2.1
null hypothesis    9.1.3.3, 9.1.3.4, 9.1.3.5, 9.1.3.6
nursery rhymes    1.1.1

Oak Ridge National Laboratory    1.2.3, 6.1.1
oligonucleotide
   allele-specific    8.3.2.2, 8.3.2.3, 8.3.2.4
   degenerate    5.3.1.2
   ligation assay    8.3.2.3, 8.3.2.4
   microsatellite    8.3.6.2, 8.3.6.3, 8.3.6.4
   random    8.3.4
   retroviral subfamilies    8.2.4
   simple sequence    8.3.6.1
   species-specific    8.4.4
   telomere    9.1.2.1
Olson, Maynard    10.3.3.1
oocytes    4.2.2, 9.1.2.3
oogenesis    5.5.3
orphons    5.3.3.1
outbred stocks    3.2.7, 4.1
outcross    3.2.1, Appendix E: Glossary of Terms
ovarian teratomas    9.1.2.3
ovary    4.2.2
   transplantation    4.5.2
oviduct    4.3.4
ovulation    4.3.1

Pakistan    1.1.1, 2.2.2
palpation for pregnancy determination    4.3.5
Pardue, Mary Lou    5.3.4
parthenogenesis    5.5.2, 6.2.1
partial digestion    10.3.2, 10.3.4.4
passenger loci    3.3.3.2
penetrance, incomplete    9.2.5, 9.4.4.4, Appendix E: Glossary of Terms
peptide motifs    7.4.1
Persia    1.1.2
PFGE, see pulsed field gel electrophoresis   
phase of linkage    7.2.1, 9.1.3.2
phylogenetic tree    1.3.1, 2.3.5, Appendix E: Glossary of Terms, Figures 1.3, 2.2
physical maps    10.3
polygenic traits    1.2.1, 3.2.5, 4.4.7, 7.4.3, 9.2.5.2, 9.5, Appendix E: Glossary of Terms
polymerase chain reaction    1.3.3, 5.3.1.2, 9.1.1
   cDNA selection    10.3.4
   centromere mapping    9.1.2.4
   detection of polymorphisms    8.3
   interspersed repetitive sequence    8.3.5
   screening YAC libraries    10.3.3.1
   single sperm    10.1.1
pooling DNA samples    9.4.4.4, 9.5.4.2
positional cloning    7.4.2, 8.4, 9.4.3.3, 9.4.5, 10.3
predisposition loci    9.2.5
pregnancy    4.3.3, 4.3.4, 4.3.5, 4.3.6, 4.3.7
   block    4.3.7
probability density function    Appendix D1.1
probability distribution, non-normal    9.2.4.2
pronuclei, prominent    6.2.2.2
pseudogenes    3.4.3, 5.1.4, 5.3.1.1, 5.3.2.1, 5.3.2.4, 5.3.3.1, Figure 5.4
pseudopregnancy    3.2.7, 4.3.2, 4.5.1, 6.2.5.1, 6.2.5.2
puberty    4.3.1, 4.3.2
pulsed field gel electrophoresis    7.1.4, 10.3.2, Appendix E: Glossary of Terms
Punnet, R.C.    7.2.1
Punnet square    9.1.3.4, Figure 9.3

quantitative trait loci    Appendix D2
quantitative traits    7.4.3, 9.4.4.4, 9.5, Appendix E: Glossary of Terms

R-bands    5.2.1, 5.4.4
radiation hybrid analysis    10.2.3.2
radiation-induced mutations    1.2.3, 6.1.1, 6.1.2, 7.3.5
random amplification of polymorphic DNA, see RAPD loci   
range   
   geographic    1.1.1, 2.2.2, 2.3.3; Table 2.1
   home    2.4.1
RAPD loci    8.3.4
rare variant alleles, detection of    8.3.3.2
rats    2.2.2
recombinant congenic strains    3.3.4.2, Appendix E: Glossary of Terms
recombinant inbred strains    3.3.4.1, 9.1.1, 9.2, Appendix D1, Appendix E: Glossary of Terms
   AXB/BXA sets    9.2.1.2, 9.2.5.1
   BXD set    8.2.4, 8.2.5, 8.3.6.4, 9.2.1.2, 9.2.2.4, 9.2.3, 9.2.4.3, Appendix D1.2, Figure 9.6
   comparison with backcross    9.2.4.4
   complete concordance    9.2.4.3
   complex trait analysis    9.2.5
   construction    9.2.1.2, Figure 9.4
   CXB set    9.2.1.2
   data matrix    9.2.2.4, 9.2.3, Figure 9.6
   framework maps    9.2.5.1
   history    7.2.4, 9.2
   linkage determination    9.2.2
   map distance accuracy    9.2.4.2
   map distance determination    9.2.4
   map order determination    8.2.4
   mapping endogenous retroviral elements    8.2.4
   minisatellite polymorphism    8.2.3
   naming    9.2.1.2
   special properties    9.2.1.3
   statistical considerations    9.2.2.2, 9.2.2.3, Figure 9.5
   table of established sets    Table 9.3
recombination    5.3.2.4, 7.2.2
   rates, gender-specific    7.2.3.2, 9.4.4.2
   significance    10.1.2
   suppression, interspecific backcross    9.3.2.1
record-keeping    3.5
registration code    3.4.3
renaturation kinetics    5.1.2
reporter gene    6.3.1
   beta-galactosidase    6.5.1
representational difference analysis    8.4.4
reproductive fitness    4.1
Research Genetics, Inc.    8.3.6.5, 9.4.4.2, 10.3.3.1
restriction enzymes, rare-cutting    10.3.2
restriction fragment length polymorphisms    8.2, 9.3.1, Appendix E: Glossary of Terms
   choice of restriction enzymes    8.2.2
   difficulty with    8.3.6.1
   history    7.2.4.3
   molecular basis    8.2.1
   rates for different strains    9.4.2.1
restriction landmark genome scanning    8.2.5
restriction maps, genomic    10.3.2
restriction site polymorphisms, PCR detection    8.3.1.1, 8.3.1.2, Figure 8.6
retroposon    5.3.2.2, 5.4.2, 5.4.3, 5.4.4, Appendix E: Glossary of Terms
retrotransposition    5.3.3.1, 5.4
retroviruses   
   endogenous    5.4.1, 8.2.4
   evolutionary origin    5.4.2
reverse transcriptase    5.3.2.2
RFLP, see restriction fragment length polymorphism   
Russell, L.    1.2.3
Russell, W.L.    1.2.3, 6.1.1
Russia    2.2.2

Sage, Richard    2.3.2
satellite, minor    5.3.4
satellite DNA    5.1.2, 5.3.4, 5.4.4, 9.1.2.2, 9.1.2.4, 10.2.2.1, Appendix E: Glossary of Terms
SDP, see strain distribution pattern   
segregating inbred strains    3.2.4
Seldin, Mike    9.3.3
selectable markers    6.4.2
selection, evolutionary    5.2.2.1
selective genotyping    9.5.4.2
selfish DNA, limitations    5.4.4
selfish genes    5.3.1.1, 5.3.2.2, 5.4
sequencing    10.3.4.6, 10.4
sex, determination of    4.4.2
shelter    1.1.1
Silver, J.    9.2.2.3
simple sequence length polymorphism, see microsatellite   
simple sequence repeat, see microsatellite   
SINE elements    5.2.1.1, 5.4, 8.3, 8.3.6.3, 8.4.3, 10.2.2.2, Appendix E: Glossary of Terms - B1 repeat, B2 repeat, SINE
single basepair changes    8.3.2, 8.3.3, 8.3.4
single strand conformational polymorphism    8.3.3, 10.1.1, Appendix E: Glossary of Terms
Smithies, Oliver    6.4.1
Snell, George    1.2.2, 3.3.3.1
somatic cell hybrids    7.1.3, 7.3.4, 8.3.5, 8.4.3, 9.1.1, 9.2.2.4, 10.2.3, 10.3.3.2
Southern blots    5.3.1.2, 8.2.1, 8.2.3, 8.2.4, 8.3.3.2, 9.1.1, 9.1.2.1, 9.1.2.4, 9.3.1, 10.3.4.4, 10.3.4.5
species names    Table 2.1
Specific Locus Test    6.1.1
sperm genotyping    10.1.1
spermatogenesis    4.2.1, 5.5.3, 6.1.2
SSCP, see single strand conformation polymorphism   
SSLP, see microsatellite   
SSR, see microsatellite   
statistical analysis    9.1.3, Appendix D1
   Bayes' correction    9.1.3.6, 9.2.2.3, 9.4.4.2, Figures 9.5, 9.13
   mouse vs. human data    9.1.3.2
Stevens, Leroy    6.4.5
strain   
   129:    2.3.4, 6.2.3, 6.4.2, 6.4.5, 8.2.3; Tables 3.1, 4.1; Figure 3.3
   A/J    6.2.3, 9.2.1.2, 9.2.5.1; Table 4.1
   AKR    Table 4.1
   B6D2F1    6.2.3
   BALB/c    1.2.2, 2.3.4, 3.1, 3.4.2, 4.1, 6.2.3, 9.2.5.1; Tables 3.1, 4.1
   C3H    1.2.2, 3.1, 4.1, 6.2.3, 8.2.3, 8.3.6.4; Tables 3.1, 4.1
   C5BL/6 (B6)    1.1.2, 1.2.2, 2.3.4, 3.1, 3.4.2, 4.1, 6.2.3, 6.4.2, 8.3.4, 8.3.5, 8.3.6.4, 9.2.1.2, 9.2.5.1, 9.3.1, 9.3.2.1, 9.4.2.1; Tables 3.1, 4.1; Figure 3.3
   C57BL/10 (B10)    1.1.2, 1.2.2, 3.4.2; Tables 3.1, 4.1
   C57L    6.2.3
   C58    6.2.3
   CAST/Ei    3.2.5, 9.4.2.1, 9.4.2.2, Table 3.1; Figure 3.3
   CBA    1.2.2, 4.1; Table 4.1
   DBA    1.2.2, 3.1, 3.4.2, 4.1, 6.2.3, 8.2.3, 8.3.4, 8.3.6.4, 9.4.2.1; Tables 3.1, 4.1
   FVB/N    4.1, 6.2.2.2; Tables 3.1, 4.1
   LP/J    8.3.6.4
   LT/Sv    9.1.2.3
   MOLF/Ei    3.1, 3.2.5, 9.4.2.1
   SJL    4.1, 6.2.3, 8.2.3, Table 4.1
   SPRET/Ei    3.2.5; Table 3.1; Figure 3.3
strain, choice of    6.2.5.1
strain distribution pattern    9.2.2.1, 9.2.2.4, 9.2.3, 9.3.2.2; Figure 9.6; Appendix E: Glossary of Terms
stud male    4.5.1
   fertile    6.2.4
   sterile    6.2.5.1, 6.2.5.2; Figure 6.1
Sturtevant, A.H.    7.2.1
substrains    3.1, 3.4.2
superovulation    4.1, 6.2.3; Table 4.1
susceptibility loci    9.2.5.1, 9.2.5.2
swept radius    9.2.2.2, 9.2.2.3, 9.4.4.2, 9.5.4.2; Figures 9.13, 9.14
Switzerland    5.2.2.1
synapsis    5.2.3.1, 10.1.2
synteny, conservation of    10.2.1, Appendix E: Glossary of Terms
systematics   
   Mus species group    2.3.1, 2.3.2, 2.3.3
   rodent    2.1; Table 2.1

t complex    Figure 6.1
t haplotype    2.3.3
t-test    Appendix D2
Taconic Farms    3.1; Table 3.1; Appendix A
tandem repeat elements    5.3.3.3, 5.3.4
TaqI    8.2.2, 9.4.2.1
targeted mutagenesis    3.4.4, 5.5.1, 6.4, 7.4.1, Appendix E: Glossary of Terms
   repository of mutants    6.5.2
   strain selection    6.2.2.2, 6.2.3, 6.2.4, 6.2.5
   targeting vector    6.4.2
Taylor, Benjamin    7.2.4.2
telomeres    5.3.1.1, 7.2.3.1, 10.2.2.2
teratomas
   ovarian    9.1.2.3
   testicular    6.4.5
testis    4.2.1
tobacco mouse    5.2.2.1
transcripts, number of    5.1.5.2
transgenics    6.3, 7.4.1, Appendix A, Appendix E: Glossary of Terms
   animals    4.3.3
   beta-globin    5.3.3.2
   coisogenic    6.2.2.1
   database    6.5.2
   history    6.3.1
   homozygote detection    6.3.2
   mapping    10.2.2.2
   nomenclature    3.4.5
   strain selection    6.2.2.2, 6.2.3, 6.2.4, 6.2.5
   tracking transgene    6.3.2
   YAC transgenes    6.5.3
translocation    8.1, 8.3.1.1, 10.2.2.2; Figure 8.7; Appendix E: Glossary of Terms
   genetic markers    5.2.2.2
   heterozygotes    5.5.1, 7.3.5
   radiation-induced    6.1.2
   reciprocal    5.2.3; Figure 5.3
   Robertsonian    5.2.2, 8.4.2, 9.1.2.2, Appendix E: Glossary of Terms
transplantation   
   nuclear    5.5.1, 6.2.1
   ovary    4.5.2
   tissue    3.3.3.1
transposition    5.3.2.2, 5.3.3.1
trisomies, partial    5.2.3.3
tumor suppressor genes    10.1.2
two-dimensional gel electrophoresis
   DNA    8.2.4; Figure 8.5
   proteins    7.3.4

unequal crossing over    5.2.3.1, 5.3.2.3, 5.3.3.1, 5.3.3.3, 5.4.4, 5.4.5, 8.2.1, 8.2.3, 8.3.6.1; Figures 5.6, 8.4; Appendix E: Glossary of Terms
3'-untranslated regions    8.3.1.2
urine    4.3.1

vagina, closed    4.4.1
vaginal plug    1.3.2, 4.3.5, 4.5.1, 6.2.4
variance, determination    Appendix D2
vasectomy    6.2.5.2
viral infection, germ line    6.3.1
VL30 elements    5.4.1, 8.2.4
VNTR, see minisatellites   
voles    2.3.1; Table 2.1

walking, chromosomal    10.3.3.2, 10.3.3.3, Figure 10.1, Appendix E: Glossary of Terms
weaning    4.4.5
weight    4.4.7
Whitehead Institute Genome Center    8.3.6.5, 9.4.4.4, Appendix B1.1
whole genome linkage map    2.3.5, 7.2.4.3, 9.1, 9.5.4.2
Wilson, Alan    2.3.2
Windows    AppendixB1.1
World Wide Web    AppendixB1.1
wormy mice    2.3.3

X chromosome inactivation    5.5.2

yeast artifical chromosomes    1.3.4, 6.5.3, 7.1.4, 8.3.6.5, 10.3.3, 10.3.4, Appendix E: Glossary of Terms

zoo blots    10.3.4.5

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